วิธีการหนึ่งที่หน่วยงานสหประชาชาติร่วมมือกันทำงานในระดับปฏิบัติการคือ ผ่านคณะทำงานเฉพาะเรื่อง (Thematic Working Groups – TWGs) ตลอดปี 2547 มีการจัดตั้ง TWGs 13 คณะภายในระบบสหประชาชาติในไทย ส่วนใหญ่คณะทำงานเหล่านี้เน้นภารกิจระดับภูมิภาค

ช่วงครึ่งหลังของปี 2548 ได้มีการปรับโครงสร้างและปรับปรุงประสิทธิภาพในการดำเนินงานของ TWGs ระดับภูมิภาคภายใต้การนำของ ESCAP ขณะที่ TWGs ระดับทีมประเทศถูกปฏิรูปเพื่อมุ่งเน้นความจำเป็นเร่งด่วนของ CCA/UNDAF การจัดโครงสร้างใหม่นี้ได้รับการออกแบบเพื่อวางรากฐานการออกแบบโครงการระดับประเทศที่มียืดหยุ่นและมีประสิทธิภาพมากขึ้น ด้วยการให้ความสำคัญกับด้านที่เป็นความจำเป็นเร่งด่วนและพยายามบรรลุวัตถุประสงค์ร่วมที่สำคัญ เพื่อธำรงไว้ซึ่งเจตจำนงการปฏิรูปของสหประชาชาติ